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生态浮岛上的水生植物吸收和吸附水体中氮磷钾等，植物生长所需营养物质浮岛植物，通过根系吸附并吸收水体中氮磷钾等营养盐供给自身生长，从而改善水质。植物根系增大水体生物接触氧化降解污染物的表面积，并能分泌大量的酶，加速污染物质的分解。
浮岛植物的克藻作用一些植物，能分泌微量活性物抑制藻类生长，即所谓的化感作用，如芦苇对形成水华的铜绿微囊藻、小球藻都有克制效应。生态浮岛植物与微生物形成互生协同效应浮岛植物输送氧气至根区，在根区形成好氧、兼性和厌氧的不同微环境，为多种微生物的生存提供了适宜的环境，强化了水体自净的能力。
同时微生物可以把一些植物不能直接吸收的有机物，降解为植物能吸收的营养盐类，降低水体的有机污染和营养水平。生态浮岛的日光遮蔽作用浮岛要占据一定的水面，在富营养化的水体能减弱藻类的光合作用，有效减少藻类的生物量，控制水华发生。
水生植物另一个突出特点是具有很发达的通气组织，莲藕是Z典型的例子，它的叶柄和藕中有很多孔眼，这就是通气道。孔眼与孔眼相连，彼此贯穿形成为一个输送气体的通道网。这样即使长在不含氧气或氧气缺乏的污泥中，仍可以生存下来。
通气组织还可以增加浮力，维持身体平衡，这对水生植物也非常有利。水是生命的摇篮。在水生环境中还有种类众多的藻类及各种水草，它们是牲畜的饲料、鱼类的食料或鱼类繁殖的场所。
